En las elecciones de febrero de 1946 que le dieron el triunfo a Perón y Frondizi fue electo diputado nacional, la derrota electoral de la Unión Democrática produjo un profundo debate en el radicalismo y la renuncia de toda su conducción. En agosto del año siguiente, se reunió en Avellaneda el primer Congreso de la corriente interna radical Movimiento de Intransigencia y Renovación (MIR), y Frondizi junto a Crisólogo Larralde, redactó las conclusiones en las que reaparecían algunos de los principios básicos del yrigoyenismo, como el antiimperialismo.
A comienzos de 1948 fue reelecto diputado y el MIR se impuso en los comicios internos de la capital. En diciembre inició un largo viaje por América Latina, Europa, Estados Unidos y África. Al regresar retomó febrilmente la actividad política y fue electo por la Convención Nacional para acompañar a Ricardo Balbín en la fórmula presidencial en las elecciones de 1951.
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